Den 29-årige stjärnan har inte fått något nytt jobb sedan han bröt kontraktet med förra klubben San Francisco 49ers i mars, trots att flera av hans quarterbackskollegor skadat sig under säsongsinledningen. Han hävdar att ägarna ingått en tyst och olovlig överenskommelse om att inte anställa honom.
En sådan kartellbildning utgör ett brott mot kollektivavtalet.
"Om NFL vill vara en liga som bygger på meriter får fredliga och principfasta protester inte bli bestraffade och idrottare ska inte nekas anställning baserat på en politisk provokation från den verkställande makten för landets styrelse", skriver Kaepernicks advokat Mark Geragos i ett pressmeddelande.
"Ett sådant prejudikat är ett hot alla patriotiska amerikaner och påminner om våra mörkaste dagar som nation", fortsätter han.
Debatten tog ordentlig fart i förra månaden när USA:s president Donald Trump skrev på Twitter att alla spelare som knäböjer under nationalsången borde sparkas.
NFL-ägarna har ett möte i New York den här veckan och väntas diskutera nationalsångsprotesterna.